La proposition scientifique de créer une « arche de Noé microbienne » pour sauver ces micro-organismes de l'extinction

Les microbes , de minuscules organismes vivants tels que les bactéries, les virus et les champignons , sont présents dans les plantes, l'environnement et notre corps, où ils forment le microbiome . Ces micro-organismes sont essentiels à la santé humaine car ils facilitent la digestion, renforcent le système immunitaire et protègent contre les agents pathogènes .

Mais pour étudier le microbiome et ses bienfaits pour le corps, il est important d'avoir autant de microbes sains que possible et de les préserver dans une collection mondiale similaire à la Svalbard Global Seed Bank en Norvège, le bunker où sont stockées les graines du monde entier pour sauvegarder la biodiversité des espèces cultivées en cas de catastrophe mondiale.

Ce vendredi, Journée internationale du microbiome , une équipe internationale de 25 scientifiques impliqués dans l'initiative vient de publier un article dans la revue Nature Communications dans lequel ils présentent un cadre éthique pour garantir l'avenir de ce référentiel.

« L'Initiative Microbiota Repository représente un effort proactif pour protéger et préserver la vie microbienne qui est essentielle à la santé de notre planète et de ses habitants », a déclaré María Gloria Domínguez-Bello, présidente de l'initiative et professeure de sciences environnementales et biologiques à l'Université Rutgers (États-Unis).

Les plantes, les aliments et l'environnement possèdent également des microbiomes essentiels. Par exemple, les microbes du sol favorisent la croissance des plantes en cyclant les nutriments, et les aliments fermentés, comme le yaourt, contiennent des bactéries bénéfiques pour la santé intestinale.

Les microbiomes environnementaux, tels que ceux du pergélisol arctique, sont essentiels pour contrôler les émissions de gaz à effet de serre .

Mais selon les recherches de Domínguez-Bello, les microbiomes sont de plus en plus menacés par l’activité humaine qui perturbe leur équilibre naturel .

Chez l'humain, l'abus d' antibiotiques , les césariennes et l'alimentation artificielle peuvent réduire la diversité des microbes intestinaux, augmentant ainsi le risque d'allergies, de maladies auto-immunes et de troubles métaboliques. Dans l'alimentation, l'abus de conservateurs et d'additifs peut nuire aux microbes bénéfiques .

« Le microbiome est soumis à une menace énorme qui, à bien des égards, est analogue au changement climatique », prévient Martin Blaser, membre du conseil d'administration de l'initiative, directeur du Centre de biotechnologie et de médecine avancées de l'Université Rutgers et co-auteur de l'article.

« Les activités humaines épuisent notre microbiome, et de nombreuses preuves le démontrent. Chez les plantes, les pratiques agricoles non durables, comme l'utilisation intensive de pesticides , peuvent détruire le microbiome du sol, essentiel au cycle des nutriments et à la santé des plantes », explique Blaser.

Les microbiomes environnementaux sont affectés par la pollution, le changement climatique et la destruction de l’habitat , ce qui peut entraîner la perte de microbes qui régulent les émissions de gaz à effet de serre et maintiennent la stabilité des écosystèmes.

L'initiative vise à soutenir les efforts visant à identifier les microbes sains, à les stocker et à les congeler avant leur disparition . Au cours de la phase pilote, désormais terminée, les scientifiques ont collecté plus de 2 000 échantillons de matières fécales et d'aliments fermentés provenant de plusieurs pays.

De plus, à cette époque, l’initiative est passée d’une poignée de scientifiques de quelques pays à plus de 100 scientifiques de 32 pays.

Les échantillons microbiens sont temporairement stockés dans des conditions cryogéniques à l'Institut de microbiologie médicale de l'Université de Zurich , mais la prochaine phase de l'initiative cherchera un emplacement permanent pour abriter la chambre forte des échantillons (des emplacements possibles en Suisse, au Canada et dans d'autres climats froids sont à l'étude).

De plus, au cours de cette même phase, appelée « Phase de croissance 1 », qui durera jusqu’en 2029, les scientifiques élargiront la collection à 10 000 échantillons et rechercheront activement un financement gouvernemental au-delà du soutien philanthropique actuel.

Le cadre éthique de l’initiative décrite dans le document est conçu pour garantir que la préservation de la diversité microbienne soit réalisée de manière juste, respectueuse et inclusive.

Les principes clés comprennent la souveraineté du déposant, la collaboration équitable et la gouvernance éthique afin que les collectionneurs originaux conservent la propriété et le contrôle de leurs échantillons microbiens.

En outre, l’initiative mettra l’accent sur l’importance de respecter les connaissances locales et de veiller à ce que les bénéfices soient partagés équitablement , et accordera la priorité aux considérations éthiques, notamment les droits des communautés autochtones et la nécessité de processus décisionnels transparents et inclusifs.

Et même si les technologies nécessaires pour exploiter pleinement la collection font encore défaut, les scientifiques travaillant sur l’initiative envisagent qu’à l’avenir, les échantillons pourraient être utilisés pour développer de nouveaux traitements médicaux, améliorer les pratiques agricoles et restaurer les écosystèmes endommagés.

« Nous pensons qu’un jour la science s’améliorera suffisamment pour que nous disposions de très bonnes techniques de restauration », conclut Blaser.